Theo truyền thống, sinh vật được phân loại như là động vật, thực vật, khoáng vật như trong Systema Naturae. Sau khi phát hiện ra kính hiển vi, các cố gắng được thực hiện nhằm xếp đặt vi sinh vật vào hoặc là giới thực vật hoặc là giới động vật. Năm 1866, Ernst Haeckel đề xuất hệ thống ba giới với sự bổ sung Protista như là giới mới và chứa phần lớn các vi sinh vật.[1] Sau đó, Haeckel đề xuất giới thứ tư mà ông gọi là Monera (từ tiếng Hy Lạp: μονήρης, moneres, nghĩa là đơn giản). Một trong tám ngành chính trong Protista của ông được gọi là Moneres. Tiểu thể loại Moneres của Haeckel bao gồm các nhóm vi khuẩn đã biết như Vibrio. Giới Protista của Haeckel cũng bao gồm các sinh vật với nhân chuẩn mà hiện nay người ta gọi là Protista (sinh vật nguyên sinh). Sau này người ta thấy rằng giới Protista của Haeckel là quá đa dạng để có thể coi một cách nghiêm túc như là một giới thật sự.

Năm 1969, Robert Whittaker công bố hệ thống năm giới do ông đề xuất để phân loại các sinh vật.[2] Hệ thống của Whittaker đặt phần lớn các sinh vật đơn bào vào trong hoặc là Monera với nhân sơ hay Protista với nhân chuẩn. Ba giới còn lại trong hệ thống của ông là Fungi, Animalia, và Plantae với nhân chuẩn.